十六年後,隋煬帝時代,男主角「陳靖仇」奉師父之命,踏上尋找傳說中五樣中原上古神器之旅。陳靖仇是陳國後裔,在襁褓時代隋朝四處搜捕陳國遺族時,他的師父陳輔犧牲了自己的孫兒,冒險將陳靖仇替代救出。陳輔將自己復國的願望,全落在幼小的陳靖仇身上(陳靖仇之名,即是「靖北虜,復國仇」的意思)。由於十六年前歷經那場驚心動魄之噩夢,師父深知自己絕對無法敵過那位手持軒轅劍的神秘少年,所以決心改換方式,開始四處尋找傳說中能讓人獲得天下之五樣上古神器──伏羲琴、神農鼎、崆峒印、崑崙鏡、女媧石,打算收齊它們,以它們的力量來復興故國。本作故事,就隨著這場艱辛的復國之旅,逐頁展開。
本作既是「軒轅劍參」的外傳,許多玩家們一定會好奇的問:它是不是也像「軒參」那樣,是一部橫跨了歐亞兩大陸的遊戲?答案是:本作故事完全發生在大家所熟悉的中原大地之上,是一部完完全全中國風之角色扮演遊戲。由於「軒轅劍參」推出後,許多玩家來信反應:磅礡如史詩一般跨越歐亞大陸的「軒轅劍參」,讓人激賞再三,但玩家還希望玩到一部擁有它的效果,但完全以中國為背景的角色扮演遊戲。製作小組為回應玩家的這一殷切期許,便將這次的故事,全部都設定在中國的土地上,

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